Han de saber como en la Muy Noble y Muy Leal Ciudad de Jerez de la Frontera, veinticuatro días del mes de Marzo, viernes, en este santo año del nacimiento de nuestro Salvador Jesucristo de mil y quinientos y setenta y tres años se fundó esta santa Cofradía del Santo Crucifijo en el Monasterio de Guía, de la orden de San Agustín, extramuros de esta Ciudad, de la cual cofradía son fundadores el Muy Reverendo Padre Prior Fray Pedro Clavijo, y Juan Martín de Jimena, mantero, y los hermanos mayores Juan Vázquez y Melchor García, manteros, y mayordomo Antón Martín de Ortega, mantero, y escribano Juan Millán Bohórquez «.
La cualificación de la Regla fue confiada al Dr. Ponce, el cual dio Su dictamen diciendo «que está bien y santamente ordenada a servicio de Dios y provecho del prójimo y no tiene nada contra nuestra santa fe católica. 21 de marzo de 1574. En vista de ello dio el Provisor su aprobación que está redactada así:
«Yo el Provisor general de Sevilla y su Arzobispado, por la presente apruebo y confirmo los capítulos de esta regla y hermandad del Santo Crucifijo, de la ciudad de Jerez de la Frontera, en cuanto que no repugnan ni contradicen el derecho canónico y constituciones sinodales de este Arzobispado y la jurisdicción ordinaria del Arzobispo, mi Señor, con los aditamentos siguientes, conviene saber: … /… Hecho a 31 de Marzo, 1574 años. El Ldo. Jacinto Rodríguez. Simón de Aguilar, notario».
Desde esta fecha la Hermandad pasó de San Agustín a San Miguel, ocupando en esta Iglesia lugar por largos espacios de tiempo, por causas aún desconocida, aunque consta documentalmente que ya en 1662 la Hermandad reside definitivamente en San Miguel.
Desorganizada en 1771 y 1777, mantienen vida activa al menos hasta el año 1822 en la que consta la existencia de la procesión de la Hermandad en Viernes Santo.
En 1928, un grupo de entusiastas cofrades consiguen hacerla resurgir. El Arzobispo aprueba su reorganización y sus nuevas Reglas son aprobadas el día 4 de Marzo de 1929 y ya procesionan en este mismo año en la Madrugada del Viernes Santo.
La primera Junta de Gobierno tras la reorganización estaba compuesta por los siguientes señores:
Hermano Mayor.- D. Juan de Mata López de Meneses y Cala
Teniente de Hermano Mayor.- Excmo. Sr. Marqués de Domecq
Mayordomo.-D.José Ruiz Crespo
Secretario.- D. José de la Riva y Rornero de Aragón
A principio de los años cincuenta, la Hermandad solicitó del Sr. Cura Párroco, Director Espiritual de la Hermandad, D. Rafael Rodríguez González, la fusión con la Hermandad del Santísimo Sacramento de la Parroquia.
El día 25 de Diciembre de 1955, festividad de la Natividad del Señor, el Sr. Cura Párroco participó oficialmente a la Hermandad su decisión de unir ambas Hermandades.
Tras esta decisión. y una vez reunida la documentación requerida por el Excmo. Rvdmo Sr. Arzobispo de Sevilla, Dr. D. José María Bueno Monreal, una comisión compuesta por los Sres. D. Juan de Mata López de Meneses y Cala, D. Luis Fernández y González y D. Rafael Cruz Molins, en aquellos momentos Secretario 1º y Mayordomos 1º y 2º, la entregaron al Rvdmo. Prelado el 29 de febrero de 1956.
En el plazo de tres meses se redactaron nuevos Estatutos recogiendo la fusión. En la elaboración de estos Estatutos participaron, además de los tres señores oficiales antes citados, el Sr. cura Párroco de San Miguel. Estas nuevas Reglas fueron aprobadas por el Ilmo. Sr. Vicario del Arzobispado el día 5 de octubre de 1956.